回到真新镇后，小智就一直在纠结，自己接下来是该去合众地区旅行，亦或是去挑战卡洛斯联盟。
直至花子告诉他，要去合众地区旅游时，小智才最终下定了决心。
跟随着花子和大木，来到了合众地区的鹿子镇。
结果，刚一下飞机，就遭到了被坂木委派过来执行任务的火箭队的袭击。
小智一不留神，皮卡丘就被他们抓走了。
而小智，又没有携带除皮卡丘以外的精灵，难以将其从火箭队的手中夺回。
幸运的是，合众地区的传说精灵捷克罗姆，正好从鹿子镇路过。
随手劈下一道闪电，替小智解了围。
在此过程中，皮卡丘吸收了过量的电气，导致其出现超负荷现象。
小智见状，便听从大木的建议，带着皮卡丘，前往合众地区著名博士红豆杉的研究所。
希望能在那里，为皮卡丘做个详细的身体检查。
……
无巧不成书，白石也在这个时候，抵达了鹿子镇。
正想去精灵中心休息一下，却意外从路人的口中，得知了刚才所发生的异常情况。
“他们说的异常天气，应该是捷克罗姆造成的。”
“这意味着，小智很可能也来到了合众地区。”