虽然形势非常乐观，但是吕大防依然还是非常小心谨慎的向前推进，并且让投石机以南城门楼为中心，向两侧依次投下燃烧弹，以便将威胁通过城门洞宋军的辽国弓箭手全部清除，降低宋军靠近城门洞的风险。
尤其是辽军在城门洞城门内侧对宋军进行阻击的时候，吕大防甚至直接让三门火炮对准城门洞内进行射击，炮弹通过了城门洞后直接在城内爆炸，集中在城门内侧密集的辽军顿时损失惨重，受到了非常大的打击。
锦州城内的辽军所受到的打击不仅仅是军事上的重创，更重要的还是在于火炮的威胁——像投石机、神臂弩等武器这是辽军对宋军攻城时认识最为深刻的武器，相应的也有一定的解决办法。但是对于火炮则完全超越了他们的认知，而且像燃烧弹、弩炮等武器他们也是头一次见到，说到应对之法是完全没有。
除了对火炮多少有些不是很适应之外，宋军将领这次对锦州的攻城战堪称是宋军的经典攻城典范。随着吕大防和他的手下们不断调整武器火力配备，各种攻城兵器相互配合之下，南门的战斗很快便要打破僵持的状态，进攻城门的宋军已经开始推进到城内了。就在这个时候吕大防终于叫副将将无心交给他的烟花号令点燃，向城内特种部队发出攻击信号。
城内的特种部队在上午的攻城战打响的时候便以小队的方式集合起来，他们分成数个据点躲藏在城南的民居当中。在看到城外的信号后，他们立刻冲出自己的隐蔽点，然后对街上正在不停忙碌的辽军大肆攻击——像这种冷兵器巷战他们是非常熟悉的，尽管在进城的时候无法携带长矛弓箭一类的兵器，但手持钢刀的他们在近身作战方面曾经受到过严格的训练，突然袭击之下就把对城内毫无防备的辽军拾打糟了。
当城内特种部队在就近消灭前往支援南门的小队辽兵后，他们很快便赶到了南门，针对南门城内侧聚集起的大堆辽兵，他们将手中的手榴弹一次性扔到了正专心对付涌进城内宋军的辽兵头上。两天前他们开始陆续化装进入锦州城的时候，他们身上就携带了不少手榴弹，尽管手榴弹的体积并不是很大。但为了避免暴露自己被城门的辽军发现，每个人只带了一两枚，像这样的打法他们早就在西夏和大宋的战场上试过很多次了，这次做起来也是非常顺手。
从天而降的手榴弹给城内的辽军当头一棒。五百多枚手榴弹在南门城口这块并不大的地方所造成的杀伤力是非赏惊人的，一片一片的辽军如同割麦子一样还不知道怎么回事便糊里糊涂地被消灭了。而特种部队趁着辽军还没有反应过来的当口，对这群辽兵进行了一次冲锋，再给辽兵以巨大的杀伤后，整个南门城口的辽兵便在城内城外的宋军夹击之下开始崩溃了。
此时特种部队也没有恋战，在看到辽军防线崩溃后，他们便立即在一声呼啸声中向后撤退了——他们身上的穿着有的是辽国百姓的服装，有的是刚才在街头偷袭辽兵后从尸体上扒下的辽兵服装，他们唯一区别敌我的标志便是手臂上绑着的白布带子。不过向锦州城内攻击的宋军可不知道他们在城内的友军长得什么样，为了避免误伤，这支特种部队在进城潜伏后便立刻筹谋了对策。一旦南门城口的辽兵战线有崩溃的迹象后便立刻朝城内撤退。
特种部队在撤出南门战场后，便聚集在事先安排好的集合地点，在聚齐了大部分人后也没有浪费时间，他们便立刻赶往城内的辽军主持办公的衙门。在战场上正面与大军相抗衡从来不是他们的作战思想，生擒主将才是他们最重要的任务。不过在今天看来，想要完成这件任务并不是一件容易的事情。锦州守将已经开始想着逃脱了。当特种部队成员赶到衙门后却发现里面已经是人去屋空，他们还是来晚了一步，无奈之下便将衙门内部残留的辽兵全部关押起来，守好衙门的大门和院落，换下自己的衣服后便等着城外的宋军来接收。
攻占锦州城前后不过花了一天的时间便顺利完成，下午的时候宋军大部队进城后，城中的辽兵基本上就没有什么反抗的举动了。剩下在城中的辽兵多是伤重者，凡是能够跑的基本上都随守将从北门逃窜了。就算无心在北门设伏没有抓到锦州城守将，吕大防也并不担心——这场战斗他们赢得太轻松了一些，原本吕大防在接到任务的时候说明只要进攻锦州引动辽国统治高层注意即可，能不能攻下锦州城对大宋来说并不重要。因为不仅是锦州，就是来州在距离上也超过了大宋的实际控制范围。
大宋攻击锦州暴露了跨海登陆作战部队已经深入辽国的事实，在军事将领看来这种举动完全是多余的。况且锦州太远了，这样一来自己这十万出头的孤军能够在辽国的土地上生存多长时间就很难说了。攻打锦州能够在一天之内结束战斗，这为吕大防谋划下一步的作战计划赢得了时间上的优势，也使得宋军的行动更加从容一些。
就在吕大防率军汇合了城内的特种部队开始对城内残余的辽军进行清缴的时候，在城外三十里处一个叫伏龙沟的地方，无心率领两千多特种部队在这里伏击了锦州守将的残余部队，这一仗跑了几个辽军虽然没有尽数歼灭敌人，但非常幸运的活捉了辽军锦州守将耶律拔，并且将其周围的五千残兵大部分歼灭。由于伏龙沟周边都是森林，树木茂密加上特种部队对这一带的地形并不熟悉，没有办法的情况下为了避免损失只有放弃了追缴其他残军的诱人想法。
跨海登陆作战部队对锦州城内的清缴还是依照来州的标准，对生活在这里的辽国贵族财产尽数没收，并且接管了对宋军来说最为重要的粮仓和军械仓库。对于一支身处敌人腹地的孤军来说，没有什么比补给更为重要的物资了。而宋军占领锦州后，锦州城内仓库的“藏品”之丰厚还是让宋军倒吸了一口凉气，接着便是喜出望外。
由于锦州是辽国通往东京道的必经之地，辽国东京道由于民族众多，各族部落星罗棋布地遍布在整个东京道，更因为这些部落之间征战不休，甚至有些部落对契丹人的统治地位也构成了相当大的威胁。这就迫使辽国在锦州建立了一个相当大的储备仓库，对驻守在东京道的部队进行中转补给。
光是粮食宋军便获得了十三万石之多，而辽军军械库中的藏品在宋军眼中就很差强人意了。不过其中的箭支还可以拿来一用，并且宋军还发现这个仓库中有很多装备是以前大宋的制式装备，很可能是辽国买来后专门用来对付东京道的游牧民族所做存储。
根据大宋统治高层所定下的章程，凡是大宋所攻下的城池，必须对城池内的非汉人富户进行清缴，没收其全部财产，而城池内属于辽国政府的一切财物或者其他物资也都一律没收。这个命令其实就是针对于跨海登陆作战部队所定下来的，而且主要针对的就是来州。因为大宋统治高层没有想到在缺少传统大型攻城装备的跨海登陆作战部队能够攻下除了来州以外的城池。